宿泊税と入湯税の両方がかかる場合はありますか？

はい。温泉設備があり、かつ宿泊税が導入されている自治体の拠点では、宿泊税と入湯税の両方が課税されます。それぞれ別の税金であり、両方を徴収・納入します。